La recensământul din 1860, Burdujenii erau oficial a 33-a localitate urbană a Moldovei, după numărul populației (1729 locuitori). Înainte de 1918 târgul era un punct românesc de frontieră la granița cu Austro-Ungaria. A făcut parte din județul Botoșani (interbelic).

S-a dezvoltat foarte mult în perioada comunistă, ca urmare a industrializării acestui cartier, fiind cunoscut ca zonă industrială a orașului Suceava.